HTPS:llä on kaksi satamaa, Pyysaaren kotisatama Helsingissä ja Pursiniemen retkisatama Pellingin saaristossa Porvoossa.

Pyysaaren satamatoiminnoista vastaa telakkatoimikunta telakkamestarin ja saramakapteenin johdolla. Pursiniemen asioita hoitaa Pursiniemitoimikunta .